Innerhalb des Fermenters befindet sich ein Rührwerk, welches die erforderliche und völlige Durchmischung des Inhalts gewährleistet. Hierbei ist darauf zu achten, dass sich weder eine Schwimmschicht auf der Substratoberfläche bildet noch Sedimentation am Behälterboden entsteht. Zusätzlich müssen die Mikroorganismen mit allen notwendigen Nährstoffen versorgt werden. Die Aufenthaltszeit der Gülle im Fermenter liegt - abhängig von der Art des Substrates - zwischen 20 und 40 Tagen. Während dieser Zeit werden die organischen Substanzen der Gülle von den Mikroorganismen umgewandelt. Hierbei gibt es zwei verschiedene Endprodukte: Biogas und ausgefaultes Substrat. Das Substrat, welches vor Ort zwischengelagert wird, wird aufgrund des hohen Ammoniumgehalts (NH4) meist als Dünger verwendet. Das Biogas gelangt in einen Gasbehälter, von dem aus das Blockheizkraftwerk versorgt wird, welches neben Elektrizität auch Wärme erzeugt.
Grundsätzlich verbraucht der Landwirt die von ihm produzierte Elektrizität selbst; dies hat für ihn den finanziellen Vorteil, dass er keine oder weniger Energie von außen benötigt. Überschüssige Energie kann er dem nächstgelegenen öffentlichen Energieversorgungsunternehmen verkaufen. Gemäß dem "Erneuerbare Energien Gesetz" liegt die Vergütung dieser so erzeugten Elektrizität bei 0,10 Euro/kWh. Falls also keine oder kaum Energie vom Hof benötigt wird, verdient der Landwirt Geld, indem er die erneuerbare Energie "Biogas" verkauft. Die erzeugte Wärme kann für das Heizen der Stallungen und / oder des Hauses, die Getreidetrocknung und andere Zwecke verwendet werden. Circa 10 bis 30 % der erzeugten Energie werden für den Betrieb der Biogasanlage benötigt. Überschüssige Elektrizität und Wärme werden für die Finanzierung der Anlage verwendet, die in durchschnittlich 4-8 Jahren abgeschrieben ist.
Natürlich gibt es auch andere Möglichkeiten Biogas zu nutzen. Beispielsweise kann die gesamte Biogasmenge zur Wärmeproduktion, in Form von Dampf oder heißem Wasser, genutzt werden. Gegebenenfalls kann der Dampf auch zu Kühlzwecken, zum Beispiel in einer Molkerein, verwendet werden.
